La Scuola S.Agnese di Saronno è nata nel 1954, ma affonda le sue radici nel lontano 1907, quando l'allora Prevosto di Saronno, Mons.Andrea Guidali e le nobili sorelle Carolina e Vittoria Lucini invitano Don Luigi Guanella ad aprire un Istituto destinato ad accogliere giovani rimaste nubili per aver dedicato la vita ad essere "madri" di fratelli e sorelle minori.
Le Lucini offrono il terreno con la casa colonica che subito accoglie le prime ospiti e nel 1912 viene inaugurato il nuovo Istituto che il Beato Guanella intitola a S.Agnese.
Come richiedono i bisogni sociali del tempo vengono accolte anche fanciulle orfane, bisognose di cure e di affetto, che trovano nel nuovo Istituto una casa e quanto la vita non ha loro donato.

Dopo la seconda guerra mondiale viene eretto un nuovo edificio, indipendente dalla Casa di Riposo, che viene inaugurato nel 1954 e intitolato a "Maria Immacolata".
Nascono così la Scuola Materna e la Scuola Elementare e, nel 1966 in seguito alle insistenti domande dei genitori viene aperta anche la Scuola Media, ormai divenuta scuola dell'obbligo e l'edificio si rinnova.

I nuovi "segni dei tempi" hanno rinnovato la struttura della Casa S.Agnese che si presenta oggi con numerose aule, ampie e accoglienti, luminosi di giorno per il particolare orientamento dell'edificio, con vasti cortili, scale interne ed esterne, tutto rinnovato secondo le più recenti norme di legge. Anche la società ha subito mutamenti, Saronno da cittadina ricca di industrie si è trasformata; la maggior parte delle persone lavora oggi nel "terziario" e quindi necessita di una scuola che accolga i figli durante il giorno mentre i genitori sono occupati nel lavoro a Milano o comunque fuori città. Non mancano le richieste di famiglie che abitano nei paesi del circondario e soprattutto da parte di medici e infermieri che lavorano nel vicino Ospedale di Circolo.
I cambiamenti effettuati per adeguarsi alle moderne esigenze non hanno mutato lo spirito che ha animato il sorgere dell'opera e che è mantenuto vivo da tutta 'l'equipe' della scuola.

Suore e Insegnanti si sforzano di operare secondo i principi pedagogici di Don Guanella che fondò la sua pedagogia sull'amore e sulla fiducia, l'istruzione viene impartita privilegiando l'aspetto formativo su quello puramente informativo.
Gli alunni sono i principali destinatari dell'opera educativa che tende alla promozione totale della persona e, secondo lo slogan formulato da Don Guanella 'Pane e Paradiso', pone come fine precipuo la formazione umana e religiosa in un tutto armonico.